Quand le radical Émile Combes entre au gouvernement, il fait de la lutte contre le cléricalisme l’objet principal de son activité ministérielle. Il applique avec rigueur la loi de 1901 sur les congrégations et supprime deux mille cinq cents écoles libres. Émile Combes se montre si intransigeant avec les clercs que même le président du conseil, Waldeck-Rousseau, proteste : après tout, les congrégations ont été éliminées !
Mais Combes ne semble pas satisfait et s’attire rapidement les foudres de l’Assemblée qui le contraint à démissionner le 18 janvier 1905.
Cela n’empêche cependant pas le cabinet qui lui succède de mettre en application les lois que Combes a proposées. Ainsi, le 9 décembre 1905, la loi de séparation de l’Église et de l’État, à laquelle Combes tenait particulièrement, est promulguée. La France, fille aînée de l’Église depuis l’avènement de Clovis, est désormais un État laïc.
